1、2005年1月，南菁学生王强站在人民大会堂的领奖台上，受到团中央奖励，被清华大学录取。
2、学校在全市24个省级文明单位中脱颖而出，成为江阴唯一一个省级文明单位标兵。
3、2005年4月17日，南菁第六届教代会第三次会议成功召开。
江苏省南菁高级中学第六届教代会第三次会议上，通过了关系到南菁未来发展全局的三个战略性决议《创建五星级学校实施纲要》、《师资队伍建设整体实施规划》、《南菁校级工资制实施条例》。
4、2005年5月，南菁与国际著名大学英国萨赛克斯大学合作达成协议。按照协议，学生参加南菁与英国著名大学——曾培养过两位诺贝尔获得者的萨赛克斯大学合作开办的留学预科课程班，成绩合格者将直接赴英国萨赛克斯大学留学。
5、2005年高考江阴的前10名有9人在南菁，南菁包揽了清华在江阴的全部录取名额，高考平均分、高分段等多项指标在无锡领先。
6、2006年7月，南菁保持共产党员先进性教育活动拉开序幕，教育局局长张勇同志在动员大会上做重要讲话，希望南菁在学习活动以及学校改革和发展的成绩方面成为江阴教育界的“标杆”单位。南菁保持共产党员先进性教育学习活动取得重要成果，被市委市政府确定为学习的示范单位。
7、南菁理科竞赛成绩继续全省领先。第22届全国物理奥赛中，南菁学生以其扎实的理论功底和较强的实验操作技能一举夺得13个一等奖，囊括了我市全部的一等奖。一等奖总人数位居全省前三，无锡第一。在数学全国联赛中南菁有10人获得一等奖，位居全省前列。
8、2005年9月，我校夏锡良校长、黄雄老师被评为物理学科省特级教师，南菁师资队伍建设再结硕果。
9、2005年秋季开学，我校全面实施新课程改革，同时物理组被确定为无锡学科教学基地，另有语文组、数学组等多个江阴教学基地，南菁在实践中稳步推进新课程改革。2005年12月，南菁组织了全省的高中语文新课程改革的研讨活动，新课程改革取得了阶段性成果。
10、现代化教育水平稳步提高，国家级现代教育科研课题圆满结题，同时，南菁现代办与外语组合作完成的多媒体教学成果展示课件在全国获得一等奖。
11、12月23日至24日，由江苏省中小学教学研究室和江苏省南菁高级中学共同举办的苏教版高中语文课程标准实验教科书（选修）教学研讨会在江苏省南菁高级中学举行，教材编写组成员、来自省内38所第一批实验学校的高二语文老师以及无锡市、无锡各县区教研员、江阴市内各中学一名语文老师参加了研讨。
