江苏省南菁高级中学校团委是在学校党委直接领导下的先进青年群众组织，是校党委联系团员青年、领导青年工作的重要纽带和渠道，担任培养青年共产主义者和优秀学生骨干队伍，拓展青年学生的综合素质和繁荣校园文化生活的任务。校团委设有组织部、宣传部。
校团委始终以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观和习近平新时代中国特色社会主义思想为行动指南，在学校党委和上级团组织的领导下，根据团的十八大部署紧紧围绕学校中心工作，积极顺应时代发展和社会转型的新变化、新要求、新常态，努力把握当代青年特点和青年工作规律，紧紧围绕“凝聚青年、服务大局、当好桥梁、从严治团”工作格局，深化实施“思想引领、素质拓展、权益服务、组织提升”四大行动，着力构建学习型、创新型、服务型团组织，实现共青团管理工作规范化、考评工作机制化、服务工作特色化、基础工作职能化，构筑和推进思政引领、文化建设、创新创业、志愿服务、社会实践、组织制度等建设。学校连续多年在社会实践、志愿服务、科技创新、学生社团、校园文化等方面工作中获得较好成绩。
2019年1月14日，共青团江苏省南菁高级中学第十六次代表大会选举产生共青团江苏省南菁高级中学第十六届委员会。
